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第8回ケモインフォマティクス入門講座

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11/1 追記 
申込〆切を過ぎておりますが、若干お席に余裕がありますので
参加希望の方はお早めにフォームよりお申込下さい。

9/19 追記 
FAQを掲載

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第8回ケモインフォマティクス入門講座
計算化学初心者のための分子動力学計算講習会
~WindowsPCで行うMD計算の環境作りと失敗しないための考え方~

主催: 公益社団法人 日本化学会 情報化学部会
会期: 2017年11月11日(土)10時~17時  ※受付開始はプログラム開始30分前を予定
会場: 北里大学薬学部白金キャンパス(東京都港区白金5-9-1)
   ※会場の詳細は追って連絡します。

企画:北里大学 山﨑 広之(実行委員長)・吉田 智喜、近畿大学 中村 真也、東京工業大学 小寺 正明、東京大学 田中雅人、明治大学 金子 弘昌、株式会社 DeNA ライフサイエンス 久保 竜一

■ 企画趣旨および内容

分子動力学(MD)計算は、タンパク質のような生体高分子の動的な挙動やタンパク質薬物間などの物質間の相互作用を分子レベルでシミュレーションすることで推定する手法であり、スーパーコンピュータ「京」をはじめとした計算機サーバによる大規模計算も多く行われています。MD計算は、個々の研究対象の分子レベルの挙動を可視化し直感的な知見が得られるという半面、生物物理化学・情報科学の様々な分野の理論式や経験則・パラメータに基づくため、実際の計算の実行はボタン一つで終わるような気軽に行えるものではありません。

本入門講座では、MD計算に興味は持っていても、「どんなツールを使ったらいいのか」「計算の実行は出来たけど本当にこれが妥当なのか」などの様々な不安や疑問を持つ初学者を主な対象に、計算機サーバなどを使わずWindowsPCを使って「お手軽に」MD計算と解析ができるような環境作りと計算や設定を間違えないための考え方の学習、計算前の前処理や計算後の基本的な解析といった一連の演習を行います。

■ プログラム

 10:00-12:00 MD計算の環境設定および各ツールの基本的な演習
 13:00-17:00 MD計算の考え方と実践演習

        講師:中村 真也(近畿大学薬学部)

  • 午前中は、各ツールの基本的な使用方法・必要最低限のコマンド操作への習熟を行います。
    ※申込者には、事前にデータのダウンロード先をメールにてご連絡致します。必ずダウンロードおよび各ツールをインストールした後に参加してください。各ツールの基本的な操作に問題を感じない方は、午後からの参加でも構いません。
  • 午後は、MD計算の設定項目やパラメータがどのような考え方から一般的になっているかを学び、何が簡単で何が難しいのかを踏まえたうえで、系の構築から条件設定や基本的な解析の一連の流れで演習を行います。
    ※MD計算ツールGROMACSのチュートリアルのいくつかをベースに実習を行いますが、MD計算全般の考え方の学習が目的であり、GROMACSの使用方法の講習会ではありませんのでご注意ください
    ※パラメータの内容の理解には一部量子化学計算の知識に基づいたものもありますので、11/12開催の量子化学計算入門講座も併せて受講いただきますとより理解が深まります。
  • ご自身のノートパソコンを用いて演習を行いますので、当日はノートパソコンをご持参ください。
    ※本講座はWindowsPCでの実施を想定しています。Macintoshでは、構造の確認と計算結果の解析は可能ですが、簡便な計算実行環境の構築のためのツールが非対応のため、計算の実行が行えません。あらかじめご承知置きください。(考え方や注意点は問題なく学習できます。)
  • 適時進捗に合わせて休憩を取りながら進めます。
  • 有線LANの環境を準備する予定です。有線LANケーブルはご持参ください。

■ 参加費:
  正部会員(一般)および正部会員(学生):無料
  非部会員(一般):4,000 円
  非部会員(学生):2,000 円

 注) テキストはPDFとして公開する予定です。印刷したテキストが必要な方はご自身で印刷してお持ち下さい。

 注) 新たに部会員として入会された方も参加費は無料になります。同時期に開催している他のケモインフォマティクス入門講座も参加費が無料になります。これを機会に入会をご検討下さい。なお同時期開催予定の入門講座は以下のようになっています。あわせてご参加ご検討下さい。入会はこちらから

注)当日受講する方も後日動画により受講する方も参加費は同じです。ご注意ください。

■ 参加申込:
申込フォームよりお申込頂き、開催日の2週間前迄に指定口座へお振込下さい。
 申込締切:2017年10月27日  ※定員50名になり次第締切
 申込フォームURL:https://goo.gl/bEKo1q
 振込先口座:みずほ銀行神田支店 普通 1073505 名義:社団法人日本化学会
 注) 請求書ご希望の場合、参加登録完了通知メール記載のURLからダウンロードが出来ますので、そちらをご使用ください。

■ 問い合わせ先:
 公益社団法人日本化学会 情報化学部会 鷺谷/河瀬
 電話: 03-3292-6163 E-mail: cicsj@chemistry.or.jp

会期 2017年11月11日(土)10時~17時
行事名 第8回ケモインフォマティクス入門講座
会場 北里大学薬学部白金キャンパス
連絡先 公益社団法人日本化学会 情報化学部会 鷺谷/河瀬
電話: 03-3292-6163 E-mail: cicsj@chemistry.or.jp
URL https://goo.gl/bEKo1q